Не используйте в 0
качестве разделителя записей, его удобнее использовать777
perl -0777 -pe 's/\R+\\centering\R+/\n/g' example.md # ^^^
дает желаемый результат.
Из документации :
Специальное значение 00 заставит Perl заморозить файлы в режиме абзаца. Любое значение 0400 или выше приведет к тому, что Perl будет отбраковывать файлы целиком, но по соглашению значение 0777 обычно используется для этой цели.