Вы найдете, почему в этом выпуске комментарии: https://github.com/jimradford/superputty/issues/216
Кажется, что Windows видит и SuperPUTTY, и Putty внутри себя как два отдельных приложения: первая вкладка alt + перемещает вас из Putty в SuperPUTTY, вторая вкладка из SuperPUTTY в следующее приложение.