Псевдопрозрачность conky достигается перекрашиванием той части обоев, которая покрыта conky. Поэтому conky не может показывать значки рабочего стола за ним.
Обратите внимание, что conky - это обычное окно без рамки и заголовка.
Однако вы можете сделать скриншот рабочего стола без использования conky и использовать его в качестве обоев, чтобы вы могли видеть значки рабочего стола позади conky, но вы не сможете нажимать на них.