Когда вы настраиваете внешний редактор в Cyberduck (или любом FTP / SFTP-клиенте), Cyberduck загружает отредактированный файл в локальную временную папку; запускает редактор (Sublime), чтобы открыть локальный файл; и повторно загружает отредактированный файл обратно на FTP / SFTP.
Так что редактор (Sublime) даже не знает, что файл поступает с FTP / SFTP, пусть только сможет получить доступ к сайту FTP / SFTP для отображения дерева.
Хотя есть плагины FTP / SFTP для Sublime. Если вы используете такой плагин, вы можете работать с удаленными файлами FTP / SFTP как локальными. Вам не нужно использовать Cyberduck.