Этот ответ для Windows build 15063 (Creator Update)
Если ответ Чарли С не работает (в моем случае это даже хуже, если в ярлыке трижды повторяться до трех плиток), попробуйте это:
Перейдите в папку с ярлыками меню «Пуск» (например, C: \ Users \\ AppData \ Roaming \ Microsoft \ Windows \ Меню Пуск \ Программы). Найдите проблемный ярлык, сделайте его копию в той же папке.
Открепите последнюю проблемную плитку в меню «Пуск». Вы заметите, что вместо самого последнего первый дубликат исчезнет.
Вернитесь в папку меню «Пуск», удалите оригинальный проблемный ярлык. (сохранить копию).
Вернуться в меню «Пуск», оставшиеся проблемные плитки будут менять свое имя на имя копии ярлыка (что-то вроде - Копировать).
Теперь у вас на 1 меньше дублирующих плиток. Повторите шаги 1-4, пока не останется ни одной плитки ярлыка.