Проблема в том, что teamcity не на 100% ясно понимает, как работает регулярное выражение.
Он работает только для каждой линии. Мне нужно было проверить полный файл журнала. В конечном итоге это было решено с помощью команды msbuild, которая вывела файл журнала в отдельную папку и проверила его, используя новый шаг сборки.