Вы можете установить программное обеспечение для создания снимков экрана (вместе со всем необходимым для создания снимков экрана) внутри виртуальной машины, используя бесплатную программу, такую как Virtualbox или VMWare Player.
После этого вы могли бы нормально запускать другие приложения вне виртуальной машины, и программное обеспечение снимков экрана не сможет получить к ним доступ. Это прекрасно работает с настройкой с несколькими мониторами, подобной той, которую вы описываете, поскольку вы можете использовать виртуализированную ОС на одном мониторе и обычную ОС на другом.