Я не могу комментировать много вещей на стороне RAID. Лучше всего, возможно, либо получить аппаратную карту RAID, либо использовать какую-либо встроенную прошивку (встроенное ПО Intel 'RAID' довольно хорошо поддерживается в Linux, но я не использовал его сам, поэтому я действительно не могу сказать, если это будет работать на вас или нет).
Для файловой системы используйте NTFS. Windows поддерживает его изначально, а NTFS-3G в Linux охватывает практически все, что вам, вероятно, действительно нужно, включая прозрачное сжатие, символические ссылки, жесткие ссылки и владение файлами сопоставления (хотя для этого требуется некоторая ручная настройка). Он также не страдает ни от размера файла, ни от ограничений производительности, которые имеет FAT32, ни от проблем с юзабилити, которые exFAT и UDF имеют в Linux.