Служба поддержки Merge ответила мне:
Чтобы отобразить несколько сравнений в одном экземпляре Merge, вам нужно всего лишь несколько раз вызывать инструмент командной строки compare.exe, например:
Папка сравнения.exeПапкаВ папка сравнения.exe
Вышеуказанное приведет к тому, что один экземпляр Merge отобразит сравнение папок для folderA и folderB на одной вкладке, а folder1 и folder2 - вторая вкладка.
Я надеюсь, что это поможет уточнить вещи, если нет, пожалуйста, не стесняйтесь обращаться к нам снова.