Принятый ответ на тот же вопрос: как мне полностью сгладить PDF в Mac OS в командной строке? Мне кажется, что мне нужно «запечь» или «сгладить» аннотации PDF в виде содержимого PDF:
gs -sDEVICE=pdfwrite -dPDFSETTINGS=/default -dNOPAUSE -dQUIET -dBATCH -sOutputFile=out.pdf input_with_annots.pdf
... и даже кажется, что он сохраняет текст аннотации (поэтому его можно копировать вместе с исходным текстовым содержимым).
Протестировал это на Ubuntu 14.04, Ghostscript gs --version
9.10.