В Thunderbird 12 добавлен API подключаемого хранилища в формате хранилища maildir (и текущем mbox Berkeley). Maildir хранит каждое сообщение в виде отдельных файлов, то есть не объединяет сообщения в один файл и, таким образом, обходит размер папки 4 ГБ.
Но если вы не используете API, то да, все локальные папки имеют ограничение в 4 ГБ, за исключением папок учетной записи IMAP.