Я не уверен в версии Windows, которую вы используете, но я предполагаю, что у вас установлен MSMQ 3.0. В этом случае вы можете запросить все ваши личные объекты MSMQ, используя VBS и вызывая свойство Private Queues в объекте приложения MSMQ и сохраняя их как вариант.
Затем я перебрал бы ваш вариант и использовал бы свойство Delete объекта MSMQQueueInfo и удалял каждую очередь.
Надеюсь, это поможет.