Это описано в разделе примеров на странице руководства:
Присоединитесь к in1.pdf и in2.pdf в новый PDF, out1.pdf:
pdftk in1.pdf in2.pdf cat output out1.pdf
или (используя ручки):
pdftk A=in1.pdf B=in2.pdf cat A B output out1.pdf
или (с использованием подстановочных знаков):
pdftk *.pdf cat output combined.pdf
Конечно, вы можете использовать shell или xargs для расширения списка до входных pdf-аргументов ...
Пример concat для всех файлов, указанных в файле files.txt (при условии отсутствия проблем с пробелами в именах файлов и т. Д.)
pdftk $(cat files.txt) cat output out.pdf