Тильда раскрывается только без кавычек. Вы можете использовать:
alias courses='cd ~/"OneDrive - My University Name"' alias courses='cd ~/OneDrive\ -\ My\ University\ Name'
Переменная $HOME
всегда имеет то же значение, но будет расширен в двойных кавычках:
alias courses='cd "$HOME/OneDrive - My University Name"'
(Во всех трех примерах внешнее '...'
цитирование может (и должно) сохраняться, потому что все содержимое псевдонима будет интерпретироваться второй раз при каждом запуске этого псевдонима.)