Я понятия не имею, если это сэкономит энергию, но вы могли бы добавить параметр ядра "maxcpus" при загрузке. Это будет контролировать количество процессоров, на которые могут быть запланированы процессы. Но я понятия не имею, что такое влияние на мощность или есть ли возможность «отключить» (в смысле полного удаления их тока из схемы) ядро.
http://www.cyberciti.biz/tips/linux-limiting-or-restricting-smp-cpu-activation-in-smp-mode.html