Либо ваш выбор файловой системы основан на слишком старой файловой системе по неправильным причинам, либо вы пытаетесь использовать USB-накопитель для очень специфической проблемы, которая может быть решена по-другому.
Я полагаю, вы имеете в виду контрольную сумму всего раздела fat16? Когда Windows что-то меняет, вы можете найти, что он делает? написать папку, файл или внутри таблицы файловой системы? Может быть, если вы измените формат, чтобы окна принимали его и целевое устройство, другая контрольная сумма не имеет значения.
согласно вашему второму пункту, вы хотите использовать его на нескольких компьютерах для очень конкретной цели. Я читал в нескольких местах, Windows 10 меняет формат: http://www.tomshardware.co.uk/forum/id-3328596/utility-access-fat16-w10.html#r19280266 может быть, что Windows 10 меняет вашу файловую систему на Fat16 LBA?