Это зависит от того, насколько сильно ваш компьютер заражен. Безопасная загрузка предназначена для предотвращения этого, но, безусловно, было бы возможно, например, на компьютере uefi с отключенной безопасной загрузкой, чтобы вредоносная программа могла установить себя на раздел efi, загружая окна за собой и удаляя любую возможность перезаписать его.
Если вы действительно беспокоитесь, вы всегда можете сбросить настройки BIOS / UEFI, использовать DVD-диск Windows 10, полностью стереть жесткий диск и переустановить его с нуля.
За очень небольшим исключением, это очистит абсолютно все. (Есть несколько слухов о вредоносном ПО, предназначенном для определенных устройств, и его нельзя удалить с помощью этого, но вы должны быть направлены именно на них, и если вы не сделали себя целью для АНБ, я бы не стал беспокоиться об этом.)