Краткий ответ: не может.
Однако вы можете использовать, например, скрипт PowerShell ( [IO.Path]::GetFileNameWithoutExtension(…)
или [IO.Path]::ChangeExtension(…)
прийти в голову), чтобы имена файлов в (копиях) 2 папок были одинаковыми, тогда вы можете сравнить папки с Winmerge.
Но, если вы используете такой скрипт, то вы можете просто сравнить папки непосредственно из скрипта, если он только для сравнения имен файлов ...