Нажмите «Параметры» в меню, затем нажмите «Конфиденциальность».
В разделе «История \ Waterfox:» нажмите «запомнить историю» и измените на «Использовать пользовательские настройки для истории».
Последний флажок «Очистить историю, когда Waterfox закрывается».
Справа от этой опции есть кнопка настроек, которая позволяет вам выбрать то, что вы хотите очистить, один из вариантов - куки.