Ваш вопрос не очень понятен, но, насколько я понимаю, нажатие на окно консоли и нажатие ctrl+ Cдолжно завершить предыдущий процесс, после чего вы можете использовать ярлык запуска, настроенный вами, чтобы перезапустить процесс.
Разработчики Notepad ++ говорят здесь, что они не будут реализовывать команду типа NPP_TERMINATE для уничтожения дочернего процесса консоли, поэтому похоже, что нет способа написать сценарий NppExec для выполнения того, что ctrl+ Cделает автоматически.