Мой опыт редактирования реестра с помощью скриптов согласуется с вашим последним утверждением.
Это часто используемое поведение Windows.
Каждый из кустов (HKLM, HKCU и т. Д.) Имеет различные требования к разрешениям, и каждый ключ может иметь разрешения и унаследованные разрешения, аналогично настройке разрешений для файлов. Для ОС они все объекты.
Если вы предоставите более подробную информацию, например, какой именно ключ вы пытаетесь изменить, а затем сделаете щелчок правой кнопкой мыши на ключе и предоставите разрешения на вкладке безопасности, возможно, будет предоставлен более конкретный ответ.
Сам я борюсь с изменением настроек панели управления с помощью сценариев GPO, и я нахожу это очень расстраивающим. Смотрите мой другой пост, чтобы узнать больше.