Согласно активно поддерживаемой вики btrfs на kernel.org ...
Какую версию btrfs-progs мне использовать для моего ядра?
Просто используйте последнюю версию.
Версии инструментов пользовательского пространства примерно соответствуют выпускам ядра и должны содержать поддержку функций, представленных в соответствующем выпуске ядра. Второстепенные версии - это исправления ошибок или независимые обновления (например, документация, тесты).
Должен ли я хранить мои btrfs-progs в той же версии, что и мое ядро?
Нет.
Если ваши btrfs-progs новее, чем ваше ядро, вы, возможно, не сможете использовать некоторые функции, предлагаемые btrfs-progs, потому что ядро их не поддерживает.
Если ваши btrfs-progs старше вашего ядра, вы, возможно, не сможете использовать некоторые функции, предлагаемые ядром, потому что btrfs-progs их не поддерживает.
Кроме этого, не должно быть никаких ограничений на совместимость версий.