Это потому, что у вас есть опция compact-chrome-database. Видимо, есть ошибка, которая вызывает проблемы. Это известная ошибка, и они работают над ее устранением. Вы можете зарегистрироваться на их форумах и отправить файл настроек, чтобы они могли проанализировать его, чтобы выяснить, что происходит не так.
(Это не первый раз, когда функция работает некорректно, но, если честно, Chrome использует FTS3, что делает сжатие его баз данных рискованным с самого начала.)
Пока Piriform не сможет исправить ошибку, вы должны просто отключить опцию compact-database и использовать только функцию очистки кэша:
