Помимо GNOME Keyring и KWallet, Chrome также имеет встроенную (на основе SQLite) незашифрованную базу данных и использует ее, если и Keyring, и KWallet непригодны для использования. (Это, по-видимому, включает в себя просто заблокирован брелок ...)
Поскольку у вас включена синхронизация, Chrome просто снова загружает все пароли с сервера синхронизации, на этот раз сохраняя их во внутренней базе данных.
Использование --password-store=gnome
может избежать этого. (OTOH, внутренний магазин намного быстрее.)