Очевидно, это правило должно скрывать часть index.php видимого URL. Когда ваш рабочий URL-адрес является http://www.somesite.com/index.php, это правило заставит браузер отображать http://www.somesite.com/ .
Ну, это, вероятно, действует наоборот. Когда сервер получает запрос http://www.somesite.com/, он будет обслуживать http://www.somesite.com/index.php, просто не показывая этот последний бит.
Есть и другие способы сделать это, которые могут быть более эффективными и с меньшей вероятностью вызвать такие проблемы, как вы испытываете. Я сделал поиск в Google по запросу " mod rewrite RewriteRule. /Index.php ", чтобы получить эту информацию, и на большинстве страниц, похоже, есть несколько полезных советов относительно более эффективных способов сделать это.