Если www-данные есть в файле sudoers, вы должны указать, что sudo
команде не нужен пароль, поскольку www-данные не могут его ввести.
Вход sudoers должен быть www-data ALL=(ALL:ALL) NOPASSWD: ALL
Тогда вам нужно будет бежать, sudo date --set [HH:MM:SS]
а не просто date --set [HH:MM:SS]
.
www-данные никогда не должны иметь sudo
прав, если только вы не используете их для собственной разработки на тестовом сервере. Это большая лазейка в безопасности.
Редактировать: взгляните на этот вопрос, который simalar sudo в php exec ()