Вот сценарий bash, который выглядит так, как будто он делает что-то близкое к тому, что вы хотите сделать - он запускает несколько процессов параллельно, но гарантирует, что одновременно выполняется не более n.
С другой стороны, если то, что вы делаете, связано с диском, а не с процессором (я спрашиваю, потому что вы говорите, что у вас есть «50 папок данных для обработки»), тогда вам может быть лучше запускать все процессы последовательно, чтобы избежать конфликта между дисками.