Вы можете использовать VBScript для запуска mapache.exe в скрытом окне.
В корневом каталоге DokuWikiStick создайте файл run.vbs, заполните его
WScript.CreateObject("WScript.Shell").Run("mapache.exe"),0
и использовать его для запуска вашего сервера DokuWikiStick.
К сожалению, существует проблема с остановкой сервера, запущенного таким образом, потому что нет окна для закрытия. Вы можете использовать диспетчер задач для завершения процессов mapache.exe.