Ищите DocumentRootдирективу в ваших конфигурационных файлах Apache. Обычно это должно быть в одном из них:
/etc/apache2/sites-available/default/etc/apache2/httpd.conf/etc/apache2/apache2.conf
Он должен указывать на /var/www, но если ваша Wiki сохранена /var/www/dokuwiki, то это должен быть корень документа вашего сервера, и все страницы будут обслуживаться относительно этого каталога.