Я хотел бы сделать резервную копию файлов с диска и переформатировать в FAT32, а затем восстановить файлы обратно.
Вы не можете конвертировать NTFS в FAT32. PartitionMagic или подобное может быть в состоянии сделать это, но я не знаю о них - YMMV.
Изменить : Затем я бы подключить диск к ОС, которая не поддерживает или играть хорошо с разделами NTFS. Я знаю, что Mac OS X не играет хорошо - я могу видеть все виды файлов, которые вы обычно не видите, а затем копировать их. Я уверен, что также возможно воссоздать это под Linux. Вы можете получить себе Live CD (или раздел, или ВМ), а затем смонтировать диск с USB-накопителем и, наконец, скопировать файлы, которые вы ищете!
Однако нет никаких гарантий, что это сработает.