Основной целью экспорта Scribus является PDF.
Все остальные форматы экспорта доступны для вашего удобства (и поскольку после импорта в EPS экспорт в EPS может быть легко создан).
Если вы недовольны результатом, вам следует экспортировать PDF-файл из Scribus, а затем преобразовать этот PDF-файл в конечную цель.
Кроме того, насколько мне известно, экспорт Scribus в EPS использует Ghostscript (GS): если у вас есть некоторая степень грамотности программирования, вы можете взглянуть на параметры, которые Scribus передает GS, и посмотреть, есть ли что-нибудь. Вы можете сделать, чтобы улучшить экспорт EPS.
С другой стороны, из вашего описания проблемы, я боюсь несоответствия между кривыми, которые Scribus предоставляет экспортеру, и теми, которые GS может определить для EPS ... Которые будет сложнее исправить. Но нелегко что-то сказать, не видя ваших файлов и в конечном итоге проверив соответствующий код.