Настройки хранятся в файле с именем KeePass.config.xml. Для переносных установок файл обычно находится в том же каталоге, что и KeePass.exe.
KeePass поддерживает несколько мест для хранения информации о конфигурации: файл глобальной конфигурации в каталоге приложения KeePass, локальный пользовательский файл в личной папке конфигурации пользователя и файл принудительной конфигурации в каталоге приложения KeePass. Первый называется глобальным, потому что все, кто использует эту установку KeePass, будут писать в один и тот же файл конфигурации (и, возможно, перезаписывать настройки других пользователей). Второй называется локальным, поскольку изменения, внесенные в этот файл конфигурации, влияют только на текущего пользователя.