Как правило: не стоит беспокоиться о закрытии первого окна.
Расскажите подробнее -
- как вы входите в систему? SSH с переадресацией X? сеть KVM?
- для чего вы используете дочерние xterms - порождающие процессы, которые выполняют больше работы?
Что-то в том, как вы формулируете свой вопрос, подразумевает, что вы запускаете неграфические производственные процессы с использованием X11. Если вещи, которые вы запускаете, не требуют графического интерфейса, я бы рекомендовал не запускать их. Читайте о GNU Screen и / или nohup .