Протокол SCP не очень сложен. Отправляющая сторона может только слепо отправлять файлы и каталоги получателю. Там нет стандартного варианта, чтобы избежать перезаписи файлов в месте назначения.
Вы должны посмотреть на более сложные протоколы передачи, такие как SFTP или rsync, как в комментариях.