Да, это действительно самая большая проблема с Evernote. Существует так много форматирования, от которого вы никогда не избавитесь.
Но я только что нашел эту утилиту Windows, и она, кажется, хорошо работает для фильтрации содержимого буфера обмена, чтобы он был только текстом.
Если вы используете веб-клипер Evernote в своем браузере для создания заметки, вам все равно придется выбрать Все в заметке, затем Копировать, но затем вы можете Win-V вставить обратно в заметку только как текст.