Здесь нет однозначных ответов, но есть пара случайных идей, которые могут или не могут помочь:
Фраза «Использовать» выйти из системы «для выхода из системы». звучит так, как будто tcsh получил символ EOF (^ D) и ему не понравилось, попросив вместо этого напечатать 'logout'. Так откуда же взялись все эти (гипотетические) EOF?
Вы, как человек, имеющий проблему с этим в Cygwin, используете оболочку через эмулятор X-терминала (xterm, rxvt, что угодно)? Мне интересно, происходит ли эмулятор терминала, закрывая, таким образом, закрывая ptys, к которому подключается процесс оболочки, что заставляет оболочку читать «бесконечную» серию символов EOF, после чего она вращается в бесконечность. Может быть, здесь есть какая-то гонка, когда термин «окно» закрывает магазин, прежде чем фактически уведомить оболочку о завершении сеанса?
Одной из попыток было бы выяснить, а) если tcsh в вашей конфигурации действительно принимает (или отклоняет) EOF для выхода из системы, и б) если отклоняет, определите переключатель для его разрешения.
Я знаю, что это в лучшем случае умозрительно, я не использую tcsh, и мои знания о X внутренностях и эмуляции tty (к счастью для моего здравомыслия) довольно минимальны. Но такой сценарий кажется правдоподобным.