Это, конечно, не будет проблемой с Filezilla, который, как я полагаю, из ваших правок вы установили. Скорее всего, это связано с используемой файловой системой или ограничениями, наложенными вашим хостинг-провайдером, я бы с ними согласился.
В качестве альтернативы вы рассматривали сжатие и разбиение файла, скажем, на 500 МБ и загрузку их? Я не уверен, какие инструменты у вас есть в вашем распоряжении, чтобы сделать это, если у вас нет доступа по SSH, но я думаю, что все, что вы используете для создания этих резервных копий, будет иметь условия для разделения резервной копии на управляемые файлы и сбоя этого что у вашего хостинг-провайдера будет какая-то система, помогающая пользователям извлекать большие файлы.