Я нашел решение:
- Использование одинарных кавычек вместо двойных
- Побег амперсанд
&
в\&
- Не выходя из восклицательного знака
!
так что это работает:
docker run -i -t --rm \ -e 'LDAP_FILTER=(\&(objectCategory=person)(objectClass=user)' \ -e 'LDAP_PASS=Secret!Password' \ user-prefix/container-name