В документации это упоминание находится в разделе «Настройки вкладки терминала», поэтому вы найдете эту опцию на вкладке «Терминал».
Перейдите в окно глобальных настроек MobaXterm, затем перейдите на вкладку «Терминал» и выберите «Использовать среду Windows PATH». Обратите внимание, что если вы используете сеанс, вам придется сделать то же самое в этом сеансе: отредактировать сеанс, затем перейдите на вкладку «Настройки терминала» и установите флажок «Использовать ПУТЬ Windows».