Скорее всего, да. SSH - это Secure Shell, и он использует шифрование для данных, передаваемых между двумя сторонами.
Если вы запускаете команду локально, она порождает эту команду для вас, и все готово.
Если вы запускаете ту же команду через ssh, вы запускаете клиентский процесс (возможно, на другом компьютере), сервер порождает как минимум два процесса, которые обрабатывают связь с клиентом, шифрование и дешифрование. Только после этого вы получите команду.