Так что есть несколько причин, по которым это может произойти, включая эту ошибку, которая звучит довольно близко к вашей ситуации (и исправлена в более поздней сборке 3.0 в соответствии с заявкой).
Существует также тот факт, что некоторые процессы демонизации требуют, чтобы процесс был запущен с помощью fork = false, чтобы правильно работать и получить правильный PID, подробнее см. SERVER-7254 .
Это две наиболее вероятные причины, возможно, потребуется более конкретная информация (точная версия MongoDB, ОС и т. Д.), Чтобы попытаться воспроизвести что-либо еще.