Хранение закрытого ключа PGP в системе контроля версий само по себе не создает каких-либо существенных проблем безопасности. Хранение закрытого ключа в локальном, приватном (неопубликованном) хранилище git не должно иметь существенных последствий для безопасности по сравнению с хранением закрытого ключа на том же компьютере, но за пределами любого хранилища git.
Единственная проблема, о которой я могу подумать, связана с хранением закрытого ключа в режиме управления версиями, это то, что если вы не можете каким-либо образом уничтожить старые версии, изменения ключевой фразы не принесут вам гораздо большей защиты, чем могли бы.
Что может иметь свои собственные последствия для безопасности, так это хранение закрытого ключа таким образом, чтобы кто-то еще мог получить доступ к файлу ключа. В такой ситуации все, что стоит между злоумышленником и вашим ключом, является силой его парольной фразы.
Признавая, что безопасность хранилища не идеальна, и тем более в современной среде, где люди регулярно выполняют резервное копирование в облачные сервисы (что буквально переводится как «чужой компьютер»), мы обычно защищаем наши секретные ключи с помощью парольных фраз. Я верю, что даже если вы используете, например, gpg-agent, вы делаете то же самое.
Суть в том, что, если ваша фраза-пароль хороша, даже хранение копии файла зашифрованного ключа на чужом компьютере должно быть относительно безопасным.
Тем не менее, это довольно большой случай: пароли или парольные фразы большинства людей довольно паршивы в том, что касается компьютерных попыток их взлома. GnuPG делает все возможное, чтобы попытаться как можно лучше работать с тем, что вы ему даете, но для надежной защиты данных вам нужна хорошая парольная фраза, и вам необходимо установить ее перед импортом закрытого ключа в репозиторий git. После того, как ключ был импортирован, злоумышленник может в принципе атаковать любую его версию, и, если у него есть основания полагать, что конкретная ревизия имеет парольную фразу низкого качества, скорее всего, для этого. По этой причине, убедитесь, что вы выбираете ключевую фразу с осторожностью. Я написал небольшой учебник о том, как обрабатывать пароли, в том числепредложения о том, как выбрать пароли или парольные фразы, которые вам нужно запомнить, которые могут оказаться полезными.