« # » не нужно экранировать в определении горячей строки.
:*:``#::`{#`}`{!`}/usr/bin/env python3`{#`}coding: utf-8
https://autohotkey.com/docs/Hotstrings.htm#remarks
или же
:*:``#:: Send ( #!/usr/bin/env python3 #coding: utf-8 ) return
или же
:*:``#:: Send ; [v1.1.27+] ( #!/usr/bin/env python3 #coding: utf-8 ) return