Проблема с невозможностью найти исполняемый файл ssh в «нативном» режиме и невозможность для модуля gps https загружать разделяемые библиотеки связана с не полностью сконфигурированной средой. Вместо того, чтобы прямо указывать на исполняемый файл gys от msys2, укажите сценарий, который запускает сценарий запуска msys2 для настройки среды, а затем вызывает git.
@echo off C:\msys64\msys2_shell.cmd -defterm -no-start -here -c "git %*"