Оказалось, что Spotlight не индексирует все жесткие ссылки на файл - только одну из них - так что этот подход в любом случае терпит неудачу.
Симлинки вообще не индексируются, так что поцарапайте.
Псевдонимы OS-X индексируются, но запущенный экземпляр целевого скрипта запускается с оригинальным именем скрипта - он не получает информации о том, какая ссылка его запустила.
Я остановился на использовании одного сценария bash для каждого варианта, который просто запускает основной сценарий с соответствующими аргументами, работающий в фоновом режиме:
$ mainscript <args> &
Окно терминала, на котором выполняется вспомогательный сценарий, мигает только достаточно долго, чтобы запустить основной сценарий в фоновом режиме. Это выполняет то, что мне нужно.