Этот вопрос, вероятно, будет лучше для StackOverflow.
Сказав это, вы смотрели в разделе Дополнительные параметры JVM в документах? Я не знаю, работает ли он для параметров командной строки, но вы можете использовать его для установки системных свойств, по крайней мере. Другая идея, вы знаете, позволить программе Java читать файл конфигурации вместо того, чтобы Launch4J делал это.