Вы можете поместить метки с указанным смещением от точек, используя следующую команду gnuplot:
echo "plot 'file.dat' using 2:3 pt 2 notitle, '' using 2:3:1 with labels offset 0.5,0.5 notitle;" | gnuplot -persist
NB: работает, только если gnuplot был скомпилирован с --enable-datastrings (спасибо DaveParillo за разъяснения)