Я не помещаю загрузчик на оптический носитель, вместо этого я проверяю сумму загрузчика с оптического носителя и загружаю его по цепочке, чтобы убедиться, что он не подделан. Копирование / удаление загрузчика можно выполнить с помощью dd из дистрибутива linux live.
MagicISO - это графический интерфейс, поддерживающий копирование / резервное копирование загрузочных секторов и запись на оптический носитель, но я не пробовал его с загрузчиком truecrypt