Вы должны начать использовать контроль версий, такой как Subversion / Git (т.е. клиент TortoiseSVN) для окон.
Затем вы можете поддерживать свой код как «ветку» и сохранять обновления WordPress в стволе, когда вы хотите выпустить, вы «сливаете» ветку в ствол, а затем «помечаете» выпуск.
В этом будет задействована кривая обучения, однако я рекомендую в дальнейшем управлять версиями, поскольку легко забыть те изменения, которые вы сделали xMonths назад, но не с управлением версиями, когда вы можете исторически вернуться назад к той ревизии, которую вы сделали, и точно увидеть, что ты сделал.