У меня есть проект, который постоянно жалуется на последнюю строку, которую Geany добавляет к каждому файлу, который я создаю. Это во всем: HTML, JS, JSON, Python. Сначала это было мило и мило. Теперь это просто раздражает.
Справочная информация: я пишу расширение Mozilla, и оно не будет загружать файл манифеста или файл js, потому что в конце каждого файла есть пустая строка. Наконец-то пришлось открыть его в Notepad ++.

«У меня есть проект, который постоянно жалуется…» Когда вы говорите, что проект жалуется, что именно жалуется? Гири? Или код, который вы пытаетесь запустить? Нет причин, по которым HTML, JavaScript, JSON или Python будут серьезно жаловаться на пустые строки в конце.